内部寄生虫相对外部寄生虫来说会比较少，主要有肠道寄生虫、体腔寄生虫、血内寄生虫以及寄生虫性头洞病和霓虹灯鱼病。
（1）肠道寄生虫病——绦虫、线虫、棘头虫
主要是由各种各样的蠕虫性寄生虫，比如绦虫、线虫和棘头虫导致的。
症状：不严重时，受感染的鱼往往没有明显症状；但是被严重侵染的情况下，鱼可能呈现出消瘦或极度肿胀的症状，并且可能伴有寄生虫肛门处外凸的现象。
a. 绦虫通常显现扁平、白色丝带状（有点像宽面条），有时候也会分解为片片状，以裂头属槽绦虫为例，它最长可达25cm，一般寄生在肠道上。
b. 线虫也叫圆虫，一般呈红棕色，大多只有几毫米到1~2厘米，与小片的棉花和细绳很相似，多为雌雄异体，线虫可能在消化系统、体腔和鱼鳔被发现。
c. 棘头虫会吸附在鱼的肠壁上，通常呈淡黄色、扁平或圆柱状，在头部末梢有可以缩进的针状喙，体长约为2~3cm。
