当我们在治疗鱼病时，有效的杀虫灭菌操作是非常重要的工作。但是，如同“先有鸡还是先有蛋”的突发奇想，“先杀虫还是先杀菌”也是很多人被困扰的一个问题。不同的是，鸡和蛋的问题至今无解，而虫和菌的先后问题经过大家的讨论，似乎有了一定的答案，哪怕仍有争议。
一、先杀虫还是先灭菌？
“先杀虫还是先灭菌？"是最多年以来困扰很多人的一个含混不清的问题。一直以来，水产界针对鱼病控制手段最盛行的是“先杀虫后灭菌”的做法，但不知具体是什么时候(有人说大约是2013年前后)，又有人提出了相反的“先灭菌后杀虫”的说法，是否"哗众取宠"还暂不定论。两种说法的是与不是可以先搁置一边，先来看看这两种(先杀虫后灭菌、先灭菌后杀虫)立场的论述观点。其实，看了之后才从中可以悟出：并不能说某一方的论述就是错的，其中一种的论述在某一条件情况下皆是有理的。
二、先杀虫后灭菌
当鱼类被寄生虫寄生时，寄生虫对鱼会产生巨大的破坏能力，而虫咬的伤口正是细菌入侵感染的重要途径，并由此产生各种并发症，所以"杀虫"成为鱼病防治的第一步，排在第一位，所以应该先杀虫再消毒(杀菌、灭菌)。还有一个理由是：如果先消毒再杀虫的话，虫子的腐尸又可能会产生细菌，那之前灭菌消毒的作用就可能白费了。
"先杀虫后灭菌"的依据是：寄生虫特别对于鳃丝造成的破坏性最大，最后可能导致鳃丝肿胀或破烂，容易引起细菌的侵入，会引起烂鳃等病。鱼的体外病虫同理，虫不杀死，就算是杀菌再彻底，效果也不理想或者不明显，因此，杀虫后再消毒(灭菌)会事半功倍。再者，在杀虫后寄生虫虽然死了但也许伤口仍在，再去用杀菌药就当给因虫滋生时的伤口进行消毒消炎。
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