蓝绿藻也称蓝藻或蓝绿菌。 蓝绿藻在大量繁殖时，会形成蓝绿色的薄膜，并且于很短的时间内便会覆盖所有的东西。 如果放任不处理的话， 蓝绿藻将占据整个水族缸， 并且会害死水草与鱼类。蓝绿藻可以用物理的方式来处理和移除，但如果水质没有配合改善的话，很快的又会死灰复燃。
抗生素
蓝绿藻由于是属于细菌的关系，也可以使用抗生素来杀死。 最常用的抗生素是红霉素，红霉素现属禁用药，但现在有渔用红霉素。红霉素用来治疗鱼病时，建议剂量是连续五日以每38公升使用200mg来投药；但如果要杀死蓝绿藻，建议只连续四日使用2.5ppm的剂量即可。
不过，使用红霉素的结果，也可能也同时会杀死过滤器与底砂中的硝化细菌，再加上蓝绿藻大量死亡腐败的结果，很可能造成水中的铵（NH4）因而升高； 况且未死亡的硝化细菌也需要氧气将NH4转变成NO2或NO3，所以水中也可能发生缺氧或者硝化作用因而减缓。在治疗之后也必须进行换水，以降低水中的 NH4 浓度，并且提供新鲜的氧气。
遮光法
对付蓝绿藻另一个有效的方法是遮光法， 这也是推荐的方法。
遮光法是以黑色的材料将整个水族缸包裹起来，不但关闭水族缸的照明，也要避免间接光源的影响，同时还要配合使用KNO3，将水中的钾肥与NO3 浓度一并提高，一般建议的NO3浓度为10-20 ppm。经过了3日以后再进行一次进行大量的换水。
水族缸中蓝绿藻的发生与NO3过低有关， 因此日后维持水中相当稳定的NO3也是很重要的，一般的建议是维持NO3在10-20ppm。蓝绿藻似乎也不喜欢pH偏低且CO2偏高的环境，也不喜欢太强的水流。
食藻生物
能够对付蓝绿藻的食藻生物不多，清道夫和笠螺算其一员，但还是笠螺可说是最令人激赏的一个。笠螺会顺着玻璃面钻入底泥刮食蓝绿藻，虽然底床中的蓝绿藻并不会危害水族缸。
