碘能氧化病原体胞浆蛋白的活性基因，并能与蛋白质结合，使其变性沉淀。对细菌、芽孢、病毒、原虫等病原微生物有强大的杀灭作用，常用于细菌和原虫疾病的防治。
1、碘伏
碘与表面活性剂的不定性结合物称为碘伏。表面活性剂起载体与助溶的作用。碘伏能在水中释放出碘。阳离子、阴离子或非离子均可作为碘伏中的表面活性剂，但以非离子表面活性剂良好，比较稳定。常用的有聚乙烯吡咯酮、聚乙氧基乙醇的衍生物或各种季铵盐类化合物。
2、聚乙烯酮碘
化学名称1-乙烯基-2-吡咯烷酮均聚物与碘的复合物（PVP-I）。本品是分子碘与PVP结合而成的水溶性能缓慢释放碘高分子化合物，两者间保持动态平衡。其杀菌活性是由表面活性剂PVP提供的对菌膜的亲和力将其载物、肽蛋白、酶、脂质等氧化或碘化，从而达到杀菌的目的。为广谱消毒剂，对大部分细菌、真菌和病毒均有不同程度的杀灭作用。
3、季铵盐碘
具有双重杀菌效果，季铵盐类本身也是一种消毒剂，它可以使病原体的细胞膜的通透性发生改变从而起到杀菌效果，再加上碘本身的消毒效果，因此是一种高效的消毒剂。
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