在养殖过程中，我国曾以孔雀石绿作为清塘杀菌剂，同时，也常将孔雀石绿使用在存放池内和运输过程中，它们在鱼体内可分别代谢为无色结晶紫与无色孔雀石绿，因为其母体化合物与代谢物质存在较大的副作用，极易致突变、致畸、致癌,至此多数国家已经在20世纪90年代将孔雀石绿列为水产养殖禁用药用。但是现阶段仍有一些渔民在违规使用，主要是因为孔雀石绿价格便宜，抗菌效果较好，所以有效监测孔雀石绿残留物质是至关重要的。