三毛金藻细胞呈椭圆形或球形，前端有三根鞭毛，鞭毛基部附近有一个伸缩泡，是一种广盐性藻类，多分布在淡水水体，生活于透明度较大、温度较低，有机质含量低的水体。多分布于水体的中、下层。